Geneious

Geneious官方版是一款专业强大的分子生物学和序列分析工具。通过Geneious软件用户可以对分子数据进行全面的调查和分析，并快速的生成基因型微卫星位点和等位基因列表。Geneious软件支持梯形拟合和峰值调用功能，用户可以更加直观的对比出各种分子之间的异同。

Geneious软件功能

1、NGS分析和基因组学

使用行业领先的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent读数(任何长度、成对端、条形码)的从头组装或参考映射。对数据的综合分析，包括基因组浏览器、持续的可视化、SNP调用和RNA-Seq表达式分析。

2、序列图和色谱分析

修剪、组装和查看Sanger排序跟踪文件，正确的碱基调用并创建一致的序列。基因预测、模式、翻译和变异调用的自动标注。基因型微卫星跟踪自动梯拟合和峰值调用和生成等位基因表。

3、对齐和树构建

使用包括MAFFT和ClustalW在内的可信算法对DNA或蛋白质进行成对和多种比对。查看和编辑实时翻译和突出显示。使用包括RAxML和PAUP在内的同行评审算法构建系统树，并为公开准备的图形调整显示设置。

4、分子克隆

查看质粒图，自动注释矢量并用注释复制粘贴序列。寻找限制站点、消化、连接和执行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。设计引物，找到CRISPR站点并优化密码。在克隆过程中跟踪历史和亲子后代谱系。

5、搜索、共享和自动化

针对NCBI进行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用无缝集成的共享库集中和协作数据。导入和导出大多数行业标准文件格式。建立自动化的工作流程，以提高效率，控制业务流程，并减少您的研究中的人为错误。

6、SnapGene文件导出

将SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，无缝地导入序列及其注释和其他元数据。

7、CRISPR-CPF1特异性评分

自信地选择最佳CRISPR-CPF1引导RNA位点使用新的特异性评分，这是根据对您选择的数据库的非目标分析计算出来的。

8、智能NGS导入

只需一个简单的步骤就可以将任何类型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的样品和参考序列的混合物。

9、CRISPR Cpf1选项

添加了CRISPR-CPF1与5’PAM位点的支持。在A和T丰富序列中找到位点，并在体内具有更高的裂解效率。

10、RNA-Seq表达分析的火山图

在交互式火山图中可视化基因表达，可以用来突出和跳转到差异表达基因。

Geneious软件特色

1、分析CRISPR编辑结果

轻松对齐，聚类和可视化CRISPR编辑实验中的NGS读数。通过您选择的应用程序(包括HDR，NHEJ和基础编辑器)分析变体的频率及其蛋白效应。

2、增强型搜索选项

通过一个统一的界面快速访问您的文档，文件夹，分析工具和最近查看的项目。

3、密码子优化和反向翻译改进

将鼠标悬停在优化密码子上，以获取有关同义密码子及其频率的更多信息。

为模型生物定制密码子优化参数。

全新的密码子优化算法使您可以通过从蛋白质或核苷酸序列开始生成新序列，来匹配所选生物体的密码子用法。

4、分析CRISPR编辑结果的新工具

从CRISPR编辑实验的结果中比对NGS测序并使其聚类

支持各种应用程序，包括HDR，NHEJ和基本编辑器

可视化与未突变参考序列相比的变体

分析变体的频率及其蛋白效应

5、增强的搜索界面

使用文本查询从单个统一界面实时搜索文件夹和文档

搜索软件中可用的分析工具(操作)的新功能

轻松访问其他高级搜索选项

快速访问最近查看的文件夹和文档

6、密码子优化改进

有关优化密码子注释的信息工具提示可在所选密码子使用表中提供有关同义密码子及其频率的信息

现在，在通过选择注释优化选择的区域时，将考虑包括方向性和CDS codon_start信息在内的注释属性

当以多个间隔优化选定注释时，跨间隔优化选择，并且允许密码子跨越相邻间隔

当优化反向选择区域时，反向互补序列现在已优化

Geneious安装步骤

1.在站下载Geneious官方版的安装包，解压后，双击“exe”文件,进入安装向导，单击Next

2.阅读许可协议，点击“I accept the...”，单击Next

3.点击“Change”选择安装位置，一般默认在C盘，推荐安装在D盘，单击Next

4.选择附加任务，勾选你所需的任务，单击Next

5.Geneious安装完成，单击Finish，退出安装向导

Geneious更新日志

1.优化内容

2.细节更出众，bug去无踪

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