在CentOS上把MySQL从5.5升级到5.6

时间：2022-03-13 22:32

在CentOS上把MySQL从5.5升级到5.6

摘要：本文记录了在CentOS 6.3上，把MySQL从5.5.28升级到5.6.19的过程。

1. 概述

在我做的一个项目中，最近我对生产服务器上的一系列系统软件进行了升级，包括git、nginx、MySQL和PHP。这篇文章讲的是升级MySQL的过程，其他软件的升级将在其他文章中介绍。

在我加入这个项目之前，网络服务器MySQL已经安装设置好了，我只是正常使用而已。现在过去1年了，应该适当升级服务器上的软件了。升级这种事情是应当经常做的，倒不是为了追最新版本，而是当正式版本发放出来的时候，应该及时更新，以便获得最新的更正、补丁，避免服务器上的漏洞，减少安全隐患。

升级是在今年6月12日进行的，到今天才有空做个记录，便于日后参考。

动手之前，查找了很多资料，因为MySQL要比之前升级的Git和Nginx要复杂多了。我在中列出了我所能找到作为依据的文档，可供参考。

2. 计划

我们使用的服务器是阿里云的，服务器的操作系统是CentOS 6.3。登录管理界面，发现共有两块物理硬盘，一块系统盘，一块数据盘，而我们只使用了系统盘，数据盘一直空着没用。所以，计划就变成：

加载数据硬盘
升级MySQL的同时，迁移MySQL数据到数据硬盘上。

3. 加载数据硬盘

下面的操作需要以超级管理员root的身份登录服务器进行操作。

3.1 查看硬盘

首先，查看硬盘使用情况：

# fdisk -l

Disk /dev/xvda: 21.5 GB, 21474836480 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 2610 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x00000000

    Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/xvda1   *           1        2550    20480000   83  Linux
/dev/xvda2            2550        2611      490496   82  Linux swap / Solaris

Disk /dev/xvdb: 21.5 GB, 21474836480 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 2610 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x00000000

# df -h
Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/xvda1             20G  9.4G   11G  48% /
tmpfs                 498M     0  498M   0% /dev/shm

可以看到，逻辑盘/dev/xvda1是位于根目录(/)，/dev/xvda2是系统缓存(swap)。第二块物理硬盘/dev/xvdb的大小是21.5 GB，没有加载和使用，我们可以把它加载，并把MySQL的数据迁移到第二块物理硬盘上，把对系统盘和数据库的硬盘访问分流，希望这样一定程度上可以提高访问MySQL数据库的性能。

3.2 格式化数据硬盘

格式化第二块物理硬盘：

# mke2fs -j /dev/xvdb
mke2fs 1.41.12 (17-May-2010)
Filesystem label=
OS type: Linux
Block size=4096 (log=2)
Fragment size=4096 (log=2)
Stride=0 blocks, Stripe width=0 blocks
1310720 inodes, 5242880 blocks
262144 blocks (5.00%) reserved for the super user
First data block=0
Maximum filesystem blocks=4294967296
160 block groups
32768 blocks per group, 32768 fragments per group
8192 inodes per group
Superblock backups stored on blocks:
        32768, 98304, 163840, 229376, 294912, 819200, 884736, 1605632, 2654208,
        4096000

Writing inode tables: done
Creating journal (32768 blocks): done
Writing superblocks and filesystem accounting information: done

This filesystem will be automatically checked every 24 mounts or
180 days, whichever comes first.  Use tune2fs -c or -i to override.

格式化顺利完成。

3.3 加载数据硬盘

下面，加载第二块物理硬盘为/data目录：

# mount /dev/xvdb /data

这个命令没有反馈，当时我有点儿吃惊和失落。因为这许多命令我也都是第一次从网上查到，第一次使用，对于它们的输出和结果，都有一种第一次坐过山车般的期待、兴奋、好奇和不确定，每一次的输出对于我都是新的，你不知道翻过面前这个坡之后会出现什么！

再用下面的命令查看新的逻辑盘：

# df -kh
Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/xvda1             20G  9.3G   11G  48% /
tmpfs                 498M     0  498M   0% /dev/shm
/dev/xvdb              20G  173M   19G   1% /data

可以看到/dev/xvdb是第二块物理硬盘！激动，成功了！

用下面的命令查看加载(mount)的类型：

# mount
/dev/xvda1 on / type xfs (rw)
proc on /proc type proc (rw)
sysfs on /sys type sysfs (rw)
devpts on /dev/pts type devpts (rw,gid=5,mode=620)
tmpfs on /dev/shm type tmpfs (rw)
none on /proc/sys/fs/binfmt_misc type binfmt_misc (rw)
/dev/xvdb on /data type ext3 (rw)

到这里，第二块物理硬盘加载成功，下面该yum出场了。

4. 升级MySQL的计划

不好意思，yum同学，编剧说你还要等下一幕。

升级MySQL时，又做了两个计划：

当然，首先要备份所有的数据库数据
计划A: 使用[6]的方法，添加安装库，用yum update升级
计划B:用yum卸载MySQL 5.5，再安装MySQL 5.6

5. 计划A: yum update

下面大部分命令都需要在超级管理员root的权限下运行。

5.1 备份所有的数据库

用mysqldump来备份所有的数据库数据：

# mysqldump -u <db管理员用户名> -p --all-databases > 2014-06-12_all-db.sql

会提示输入密码，然后2014-06-11_all-db.sql就是备份数据，如果不想放在当前目录下，可以在上面的命令行上指定路径。

当然，也建议你单独备份每个用户数据库：

# mysqldump -u <db管理员用户名> -p mydb > 2014-06-12_mydb.sql

妥善保存这些非常重要的数据库备份文件。

5.2 查看MySQL的版本

用下面的命令查看MySQL的版本：

# mysql --version
mysql  Version 14.14 Distrib 5.5.28, for Linux (x86_64) using reeadline 5.1

可见，当前的MySQL的版本是5.5.28。

5.3 添加MySQL的yum安装库

这是参照[7]来做的，后来发现[6]的方法更好：

# wget http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm
# rpm -ivh mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm
# yum list | grep mysql

这样很多更新的MySQL安装包就都有了。

如有必要，运行下面的命令确保yum安装库是最新的：

# yum update mysql-community-release

5.4 用yum查看MySQL安装相关信息

用下面的命令查看安装了什么：

# yum list installed | grep ^mysql
mysql-community-release.noarch

其中，^mysql是指以mysql开头的安装包。

用下面的命令查看安装了的和可用的安装包：

# yum info mysql-server
Installed Packages
Name        : MySQL-Server
Arch        : x86_64
Version     : 5.5.28
Release     : 1.linux2.6
Repo        : installed
Available Packages
Name        : mysql-server
Arch        : x86_64
Version     : 5.1.73
Release     : 3.el6_5
Repo        : updates

这里不知道为啥可用的安装包没有显示MySQL 5.6的。

检查可用的安装包：

# yum check-update mysql-server
Obsoleting Packages
mysql-community-client.x86_64      5.6.19-2.el6           mysql56-community
    MySQL-client.x86_64            5.5.28-1.linux2.6      installed
mysql-community-devel.x86_64       5.6.19-2.el6           mysql56-community
    MySQL-devel.x86_64             5.5.28-1.linux2.6      installed
mysql-community-server.x86_64      5.6.19-2.el6           mysql56-community
    MySQL-server.x86_64            5.5.28-1.linux2.6      installed

可见，MySQL 5.6的安装包都算community版本了。

5.5 升级MySQL及其组件

运行下面的命令：

# yum update mysql-server
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package                   Arch      Version         Repository            Size
================================================================================
Installing:
 mysql-community-client    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community     18 M
     replacing  MySQL-client.x86_64 5.5.28-1.linux2.6
 mysql-community-server    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community     52 M
     replacing  MySQL-server.x86_64 5.5.28-1.linux2.6
Installing for dependencies:
 mysql-community-common    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community    298 k
 mysql-community-libs      x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community    1.9 M

Transaction Summary
================================================================================
Install       4 Package(s)

后面的输出省略了。可见有4个安装包(共70多MB)要下载、安装。结果，下载用了80分钟。

但安装遇到问题了：

Running rpm_check_debug
Running Transaction Test


Transaction Check Error:
  file /usr/bin/mysql_config from install of mysql-community-client-5.6.19-2.el6
.x86_64 conflicts with file from package MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86)64

Error Summary
-------------

可以看到出错了，搜索了一阵儿，也没搞明白。随即停止A计划(和成龙的电影没关系)，改用B计划。

6. 计划B: 用yum卸载再安装

可以预料，这个计划要多折腾一些。仍然需要在超级管理员root的权限下运行下面的命令。

6.1 停止web服务器

这时为了避免用户访问网站时，看到数据库连接失败这样的错误信息。到这时我才想起这一点来，还是对用户关怀不够，应该在有可能宕掉网站的操作之前就做的。

因为使用的是Nginx，所以运行下面的命令：

# service nginx stop
Stopping nginx:                                            [  OK  ]

6.2 卸载MySQL 5.5.28

一共有3个包要卸载。

先卸载mysql-server包:

# yum remove mysql mysql-server
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package            Arch         Version                  Repository       Size
================================================================================
Removing:
 MySQL-server       x86_64       5.5.28-1.linux2.6        installed       153 M

Transaction Summary
================================================================================
Remove        1 Package(s)

Installed size: 153 M
Is this ok [y/N]: y
Downloading Packages:
Running rpm_check_debug
Running Transaction Test
Transaction Test Succeeded
Running Transaction
Warning: RPMDB altered outside of yum.
  Erasing    : MySQL-server-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                        1/1
  Verifying  : MySQL-server-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                        1/1

Removed:
  MySQL-server.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6

Complete!

再卸载mysql-client:

# yum remove mysql-client
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package            Arch         Version                  Repository       Size
================================================================================
Removing:
 MySQL-client       x86_64       5.5.28-1.linux2.6        installed        57 M

Transaction Summary
================================================================================
Remove        1 Package(s)

Installed size: 57 M
Is this ok [y/N]: y
Downloading Packages:
Running rpm_check_debug
Running Transaction Test
Transaction Test Succeeded
Running Transaction
  Erasing    : MySQL-client-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                        1/1
  Verifying  : MySQL-client-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                        1/1

Removed:
  MySQL-client.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6

Complete!

View Code

最后卸载mysql-devel：

# yum remove mysql-devel
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package           Arch         Version                   Repository       Size
================================================================================
Removing:
 MySQL-devel       x86_64       5.5.28-1.linux2.6         installed        20 M

Transaction Summary
================================================================================
Remove        1 Package(s)

Installed size: 20 M
Is this ok [y/N]: y
Downloading Packages:
Running rpm_check_debug
Running Transaction Test
Transaction Test Succeeded
Running Transaction
  Erasing    : MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                         1/1
  Verifying  : MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                         1/1

Removed:
  MySQL-devel.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6

Complete!

View Code

3个包的卸载都顺利完成。

6.3 安装MySQL 5.6.19

安装比卸载更简单，因为yum会自动检查依赖安装包：

# yum install mysql-server
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package                   Arch      Version         Repository            Size
================================================================================
Installing:
 mysql-community-server    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community     52 M
Installing for dependencies:
 mysql-community-client    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community     18 M
 mysql-community-common    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community    298 k
 mysql-community-libs      x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community    1.9 M

Transaction Summary
================================================================================
Install       4 Package(s)

Total size: 72 M
Installed size: 323 M
Is this ok [y/N]: y
Downloading Packages:
Running rpm_check_debug
Running Transaction Test
Transaction Test Succeeded
Running Transaction
  Installing : mysql-community-common-5.6.19-2.el6.x86_64                   1/4
  Installing : mysql-community-libs-5.6.19-2.el6.x86_64                     2/4
  Installing : mysql-community-client-5.6.19-2.el6.x86_64                   3/4
  Installing : mysql-community-server-5.6.19-2.el6.x86_64                   4/4
warning: /etc/my.cnf created as /etc/my.cnf.rpmnew
/bin/chmod: cannot access `‘: No such file or directory
  Verifying  : mysql-community-common-5.6.19-2.el6.x86_64                   1/4
  Verifying  : mysql-community-libs-5.6.19-2.el6.x86_64                     2/4
  Verifying  : mysql-community-client-5.6.19-2.el6.x86_64                   3/4
  Verifying  : mysql-community-server-5.6.19-2.el6.x86_64                   4/4

Installed:
  mysql-community-server.x86_64 0:5.6.19-2.el6

Dependency Installed:
  mysql-community-client.x86_64 0:5.6.19-2.el6
  mysql-community-common.x86_64 0:5.6.19-2.el6
  mysql-community-libs.x86_64 0:5.6.19-2.el6

Complete!

由于篇幅关系，输出有所缩略。一切顺利，继续！

预告：繁琐的事情这才开始。

6.4 更改MySQL配置，来使用数据硬盘

更改\etc\my.cnf，下面只列出更改的相关设置：

[mysqld]
# Uncomment the following if you are using InnoDB tables
#innodb_data_home_dir = /var/lib/mysql
# data path changed to 2nd physical hard disk /dev/xvdb after upgrading from MySQL 5.5 to MySQL 5.6
innodb_data_home_dir = /data/mysql
#innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend
#innodb_log_group_home_dir = /var/lib/mysql
datadir = /data/mysql

如果你也更改了数据目录，最后一行的 datadir = /data/mysql 切不可遗漏，我就是因为这一行实际上没有及时改，还是指向旧的数据目录，导致数据升级失败，直到升级数据之后才发现，在下文中有详细论述。

6.5 启动MySQL服务

启动服务：

# service mysql start
mysql: unrecognized service

居然出错了！只好直接运行MySQL的daemon：

# /etc/init.d/mysqld start
Starting mysqld:                                           [  OK  ]

后来才知道，mysql是MySQL 5.5的服务名称，到了MySQL 5.6服务就改名为mysqld了。所以，其实这里可以运行service mysqld start的。

6.6 升级MySQL数据库及表

按照[6]，到这时，MySQL的程序已经升级完毕，要升级数据了。

先把旧数据目录下的所有文件都拷贝到新的数据目录下。可惜，这里的命令在我的工作日志中没有记录，日后找到再不上。不过这是基本的Linux命令，就算你不知道，也一定能在网上找到。

然后运行下面的命令：

# mysql_upgrade -uroot -p
Enter password:
Looking for ‘mysql‘ as: mysql
Looking for ‘mysqlcheck‘ as: mysqlcheck
Running ‘mysqlcheck‘ with connection arguments: ‘--port=<为安全故略去>‘ ‘--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock‘
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
Running ‘mysqlcheck‘ with connection arguments: ‘--port=<为安全故略去>‘ ‘--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock‘
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
mysql.columns_priv                                 OK
mysql.db                                           OK
mysql.event                                        OK
mysql.func                                         OK
# ... ... 为省略篇幅故略去 ... ...
mysql.time_zone_transition                         OK
mysql.time_zone_transition_type                    OK
mysql.user                                         OK
Running ‘mysql_fix_privilege_tables‘...
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
Running ‘mysqlcheck‘ with connection arguments: ‘--port=<为安全故略去>‘ ‘--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock‘
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
Running ‘mysqlcheck‘ with connection arguments: ‘--port=<为安全故略去>‘ ‘--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock‘
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
mydb.table1                                         OK
mydb.table2                                         OK
# ... ... 为省略篇幅故略去 ... ...
mydb.table793                                       OK
mydb.table794                                       OK
OK

到这里发现，数据库有问题，数据升级并未成功。原因就是之前提及的，升级数据时\etc\my.cnf中的数据目录(即datadir = 这一行)还是指向旧的数据目录，我猜想这导致一些操作发生了混乱。

这时我感觉到难免的慌张和混乱，之后我做了一些尝试：

重复升级数据的过程，结果依旧
尝试修复缺失或者损毁的系统数据库中的5个数据表，结果发现文档犹如进入了一个迷宫，不得要领。

不得不就此作罢。

6.7 重新创建数据目录

看起来由于我之前的疏忽，数据库已经在上一步升级数据中被损毁了！

这时候，你能做什么！谷歌(或者百度)就是你当前最好的朋友！

在冒汗和揪头发的折磨中，总算找到了根救命稻草mysql_install_db，详见[9]，这个命令可以重新创建数据目录，这就意味着重新创建系统数据库mysql，也意味着现有的用户数据库都将被清除。这时，你会感谢上帝、佛祖、圣母和玉皇大帝，如果你在最开始对所有的数据库做了备份的话。回头看一下我们在做的事情，就知道这是多么重要了！有了备份，我们就可以恢复所有的数据库了！

先要做的，是在MySQL的配置文件中设置正确的数据目录。再次更改\etc\my.cnf，下面只列出更改的相关设置：

[mysqld]
datadir = /data/mysql

然后，祭出我们的救命稻草mysql_install_db来重新创建数据目录(如果你想知道该命令的详细参数，可见[9])：

# /usr/bin/mysql_install_db --user=mysql --datadir=/data/mysql
Installing MySQL system tables...2014-06-13 00:35:17 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 44199093
2014-06-13 00:35:17 11574 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/innodb_table_stats from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. See http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/innodb-troubleshooting.html for how you can resolve the problem.
ERROR: 1146  Table ‘mysql.innodb_table_stats‘ doesn‘t exist
2014-06-13 00:35:17 11574 [ERROR] Aborting

2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] Binlog end
2014-06-13 00:35:18 11574 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.
2014-06-13 00:35:18 11574 [Note] InnoDB: Starting shutdown...
2014-06-13 00:35:19 11574 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 44199103
2014-06-13 00:35:19 11574 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete

又出错了！别慌，这是因为数据目录并未清空，其中还有之前损毁的数据库文件。

删除当前的数据目录。我实际做的是把 /data/mysql 改名为 /data/mysql.bak2，效果一样，/data/mysql 目录不存在了，只是我做了个物理文件备份。

再次重建数据目录：

# /usr/bin/mysql_install_db --user=mysql --datadir=/data/mysql
Installing MySQL system tables...2014-06-13 00:46:06 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: The first specified data file /data/mysql/ibdata1 did not exist: a new database to be created!
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Setting file /data/mysql/ibdata1 size to 12 MB
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Database physically writes the file full: wait...
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Setting log file ./ib_logfile101 size to 48 MB
2014-06-13 00:46:07 11654 [Note] InnoDB: Setting log file ./ib_logfile1 size to 48 MB
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Renaming log file ./ib_logfile101 to ./ib_logfile0
2014-06-13 00:46:09 11654 [Warning] InnoDB: New log files created, LSN=45781
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer not found: creating new
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer created
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.
2014-06-13 00:46:09 11654 [Warning] InnoDB: Creating foreign key constraint system tables.
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Foreign key constraint system tables created
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Creating tablespace and datafile system tables.
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Tablespace and datafile system tables created.
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 0
2014-06-13 00:46:10 11654 [Note] Binlog end
2014-06-13 00:46:10 11654 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.
2014-06-13 00:46:10 11654 [Note] InnoDB: Starting shutdown...
2014-06-13 00:46:12 11654 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1625977
OK

Filling help tables...2014-06-13 00:46:12 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 1625977
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] Binlog end
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Starting shutdown...
2014-06-13 00:46:14 11678 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1625987
OK

后面还有一些输出，只是一些说明，关于如何准备MySQL的服务、如何设置管理员密码、等等。

好了，到这里，看起来总算恢复都正常了。

继续，设置管理员密码：

# mysqladmin -u root password ‘********‘

6.8 恢复用户数据库

这时，只是重建了系统数据库mysql，原先的用户数据库都没了。要先创建(空的)用户数据库，然后从备份恢复。

进入MySQL命令行：

# mysql -u root -p
Enter password:
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 7
Server version: 5.6.19 MySQL Community Server (GPL)

再创建用户数据库：

mysql> CREATE DATABASE `mydb`;
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)
mysql> exit
Bye

这时，mydb数据库还是空的。从之前的数据库备份恢复mydb：

# mysql -u root -p mydb < 2014-06-12_mydb.sql
Enter password:

用户数据库顺利恢复。

6.9 设置服务(daemon)在机器启动时启动

开启mysqld服务的开机启动状态：

# chkconfig mysqld on

再查看：

# chkconfig --list mysqld
mysqld          0:off   1:off   2:on    3:on    4:on    5:on    6:off

正确！继续。

6.10 重启web服务器

对应于，我们要再次开启网站、允许用户访问了：

# service nginx start
Starting nginx:                                            [  OK  ]

测试网站，一切正常！

6.11 修改CakePHP中数据库连接的设置

其实网站还有点儿小问题，不过这和MySQL升级无关，只是作为完整的实际过程，记录在这里。

实际上这时还是无法访问网站的，访问网站主页时遇到下面的错误：

2014-06-13 01:07:23 Warning: Warning (2): mysql_connect() [<a href=‘http://php.net/function.mysql-connect‘>function.mysql-connect</a>]: No such file or directory in [/usr/share/nginx/.../cake/libs/model/datasources/dbo/dbo_mysql.php, line 561]

根据[11]，修改CakePHP 1.3代码中的app/config/database.php:

class DATABASE_CONFIG {
    public $default = array(
        ‘datasource‘ => ‘Database/Mysql‘,
        ‘persistent‘ => false,
        ‘host‘ => ‘localhost‘,
        ‘login‘ => ‘username‘,
        ‘password‘ => ‘password‘,
        ‘database‘ => ‘mydb‘,
        ‘prefix‘ => ‘‘
        ,‘encoding‘ => ‘utf8‘
        ,‘port‘ => ‘/data/mysql/mysql.sock‘
    );

如上所示，增加了port的设置。注意，这只适用于*nix系统，Windows上是不需要这样的。另，CakePHP 2.x的设置与此略有不同，请参考相关文档。

这样网站就能正常访问了。

A. 参考资料

阿里云,盛大云安装LUM 硬盘加载方法说明
阿里云新购买的linux数据盘，加载方法
ext3 or ext4 how to check which one am using?
在阿里云Linux服务器上安装MySQL
Basic Yum Commands and how to use them
Using the MySQL Yum Repository :: 3 Upgrading MySQL with the MySQL Yum Repository
[研究] MySQL Community 5.6.15 版安裝(yum) (CentOS 6.5 x64)
How to upgrade MySQL 5.5 to MySQL 5.6 on CentOS 6.3/Red-hat/Fedora
MySQL 5.6 Reference Manual :: 4.4.3 mysql_install_db — Initialize MySQL Data Directory
mysql_install_db: How to set the root password
CakePHP: No such file or directory (trying to connect via unix:///var/mysql/mysql.sock)